Japon İmparatoru ve politikacıların savaş taraftarlığı üzerine Japon İmparatorluk Donanması Birleşik Filosu başkomutanı Yamamoto, Birleşik Devletler ile Japonya’nın kuvvetlerini karşılaştırmış, savaşın Japonya için intihar olacağı gerçeğini ön görmüştü. Bu sebeple ciddi bir süre Japonya’nın, Birleşik Devletler ile savaşmasını istemedi. Fakat istifa ve kovulma tehditlerine daha fazla dayanamadı. Başarı ihtimali düşük ama üstün bir strateji üretti. Japonya’nın gücünün ABD’yi, Pasifikte uzun süreli durduramayacağının farkında, hâli hazır imkân ve şerait dâhilinde, ABD pasifik donanmasını yalnızca 6 ay oyalayabileceğinin bilincindeydi. Ordu ve donanmanın ise bu kısa müddette gerekeni yapması öngörüsünde bulundu. Kendisine, 6 ay sonrası için tahmini sorulduğunda ise manidar şekilde susmuştur. Alman ordusunun Avrupa’da uyguladığı -Blitzkrieg- yıldırım savaşı taktiğini pasifikte uygulayıp, Birleşik Devletler ile Birleşik Krallık donanmalarını Japon anavatanından uzak tutmaya çalışmış ve kısmen muvaffak olmuştur.
40’lı yılların başlarında, amiraller uçak gemisi ve savaş gemisi taraftarları olarak ikiye ayrılıyordu. İkinci Dünya Savaşı sırasında Amerikan zırhlı gemileri ve uzun namlulu topları ile okyanuslarda boy göstermekteydi. Yamamoto ise; modern uçak gemilerinden havalanan bombardıman uçaklarının, inşası yüksek maliyetli olan ve uzun süren savaş gemileri üzerinde hâkimiyet sağlayabileceğini ön görmekteydi. Bu sayede Japonya, 6 uçak gemisi barındıran filoya sahip oldu.
Savaşın uçak gemileri ve uçaklar etrafında döneceğini düşünen Yamamato, Pearl Harbor baskınınıyla; öncelikle Birleşik Devletler donanmasının uçak gemilerini saf dışı bırakmayı, böylece; Birleşik Devletler’in uçak gemisi inşa etmek için ihtiyaç duyacağı zaman zarfında Pasifik’te yayılmayı, sonrasında da Birleşik Devletler’in uçak gemileri suya indirildikten sonra da istila ettiği bölgeleri savunmayı planlamıştır. Amerikanların savaş karşıtı tutumuna ve pasifik adalarının Birleşik Devletler donanması tarafından geri alınmasının, ister istemez zor ve yüksek zayiatlı olacağını düşünmüş ve Birleşik Devletler’in böyle bir savaşa dâhil olmak yerine, pasifikte Japon hâkimiyetini kabul edebileceğini düşünmüştür.
Yamamoto nereye saldıracağını iyi biliyordu fakat bu baskın harekâtı planı diğer seçeneklere göre daha yüksek ihtimalli bir alternatif olsa da asıl durum öyle değildi. Pearl Harbor harekâtı esnasında ABD pasifik donanmasının üç uçak gemisinden üçü de limanda olmalı ve bunların üçü de batırılmalı veya onarılamaz hale getirilmeliydi. Uçak gemilerinden birinin limanda olmadığı ve/veya saf dışı bırakılamadığı hallerde ise harekât başarısız olacaktı ki nihayetinde hiçbiri limanda değildi. Üç geminin birden saf dışı kalma ihtimali ise 12% idi. Yani harekât 88% başarısızlık ihtimali ile planlanmıştı. Yamamoto hesaplamalarında, pasifik savaşı sonunda Japon İmparatorluk Donanmasının 6 uçak gemisinin, 2 ila 4’ünün kaybedilebileceğini hesaplamıştı. Yani Yıldırım Savaşı taktiği olan Pearl Harbor baskın harekâtından daha iyi bir ihtimal yoktu. Yine de 7 Aralık 1941’de gerçekleşen bu baskınla beraber pasifik filosunun zırhlı gemileri imha edilmiş olsa da, filonun 3 uçak gemisi, filo ile beraber olmadığı için hasar almadan kurtuldu. Tarihte, 11 Eylül saldırılarına kadar ABD’ye en büyük felaketi yaşatan Yamamoto bu baskın ardından şu ifadeyi tarihe düşmüştür: “Korkarım yaptığımız tek şey uyuyan bir devi uyandırmak ve ona korkunç bir kararlılık kazandırmak oldu.”
Altı ay sonra ise Midway Adası için yine bir baskın planı hazırlar. Plana göre; İki uçak gemisi teşkili ile bir filo, Midway baskın harekâtından bir gün önce, Alaska Aleut Adaları’nda bulunan Dutch Harbor şehrini vuracaktır. Fakat bu bir şaşırtma taktiğidir. Sonraki gün Japon’lar, Midway’i bombalayacaktı. Bunun ardından -öngörüye göre-; ABD Donanması karşı saldırı için uçak gemilerini gönderecekti. Hâli hazır pusuda bekleyen Japon donanması ise ABD uçak gemilerini imha edecekti. Fakat ABD, Japon’ların JN25 şifre kodunu çözmüş ve Japon’ların her hareketinden haberdar durumdadır. Fakat Japon’lar bunun farkında bile değillerdir. Bu büyük ihtiyatsızlık, tüm savaş boyunca ABD donanmasına paha biçilemez bir üstünlük sağlayacaktır. Harekât esnasında donanmaya ait 8 uçak gemisinin ikisi Dutch Harbor filosuna, diğer ikisi ise ana filonun çok gerisinde bulunan çıkarma filosuna tahsis edilmişti. Ana filo dört uçak gemisi barındırmaktaydı ve bu uçak gemilerinin komutasına Chūichi Nagumo atanmıştı. 4 uçak gemisi, 11 zırhlı gemi ve 185 savaş gemisinden oluşan Japon ana filosu, -önceden hazırlanmış olmalarına rağmen- 3 uçak gemisi ve 76 savaş gemisinden oluşan ABD filosu ile 4 Haziran 1942’de karşılaştı. Amiral Nagumo ilk dalgada kendisinin ve Amerikan’ların tüm bocalamalarına rağmen ABD donamasının bir uçak gemisini batırmayı başarır. Fakat dalga tam tam başarı ile sonuçlanmaz ve bir dalga saldırıya daha ihtiyaç duyulur. İkinci dalga için uçaklara yakıt ikmali gereklidir. O esnada ABD donanmasının, üzerilerine doğru olduğu istihbaratını alır. Telaş ve tereddüte kapılır ve uçaklara torpido yükletir. Yakıt ikmali yarıda kesilir ve torpido yüklenmiş uçaklar havalanır. Fakat ABD donanması olması gerektiği yerde değildir. Uçaklar tekrar geri döner ve Amiral Nagumo, uçaklara bombardıman cephanesi yükletmesi emrini verir. Hangarlarda uçaklara bombaların yüklendiği sırada Amerikan hava taarruzu başlar. ABD uçakları Japon ana donanmasına saldırmaktadır. Japon donanması, Amiral Nagumo’nun kararsızlığı, beceriksizliği ve basiretsizliği sayesinde üç uçak gemisi kaybeder. Üstelik henüz yakıt ikmali tamamlanmamış ve gemiden havalanamayan uçaklar da birer birer suya sulara gömülür. Ertesi gün, ana filoda yer alan son uçak gemisi de kaybedilir. Pek tabii ki bu hezimet Yamamoto’ya da yazmaktadır. Dutch Harbor harekâtının gereksiz yere yapıldığı ve Midway harekâtına hiçbir faydası olmadığı, bu yüzden iki uçak gemisinin o filoya tahsis edildiği ve diğer iki uçak gemisinin ise gerideki filoya tahsis edilmesinin güç bölünmesine yol açtığı tartışılmaktadır. Fakat en büyük hata ise ne Yamamoto’da ne de Nagumo’dadır. Japon gemilerinde radar bulunmaması, Japon filosunun en büyük gücü olan uçak gemilerini yok etmişti. Dünyanın en büyük donanmalarından birinde erken uyarı ve gözlem sistemleri neden bulunmamaktaydı?
Yamamoto bundan sonraki savaşlarda her ne kadar eli ayağı kırılmış olsa bile gerçekçi duruşu ile, Birleşik Devletler’in öncelikli hedefi haline gelmiştir. Zaten JN25 şifre kodunu çözmüş olan ve Japon’ların telsizlerini dinler durumdaki ABD muharebe subayları, doğu pasifikteki filoyu teftişe gidecek olan Yamamato’nun uçağının geçeceği rotayı belirlemiştir. 18 Nisan 1943 tarihinde, operasyon emri bizzatî olarak ABD başkanı Roosevelt tarafından verilmiştir. Yamamoto’nun içinde bulunduğu uçak, havada, 16 adet P-38 Lightning uçağından mütevellit Birleşik Devletler Hava Kuvvetleri suikast timi tarafından sıkıştırarak, savaşı bitirmesi için Japon İmparatoru’nu ikna etme uğraşılarına zorlanacaktır. Fakat bir P-38 pilotu tetik tertibatını denemek ister. Amiralin içinde olduğu uçak görüntüde değildir. Bir kaç 12.7 mm mermiyi boşluğa savurur. Bunlardan birisi uçağın motoruna, diğer ikisi ise Amiral Yamamoto’nun vücuduna isabet eder ve uçak düşer. Uçağın enkazı, hâlen Solomon Adalarında bulunan Bougainville adasında, düştüğü yerde bulunmaktadır. İlk defa bir savaşta direkt hedef alınan komutan olmuştur. Bu suikast, ABD donanmasının İkinci Dünya Savaşı pasifik cephesinde aldığı en önemli başarıdır.
